단지 디렉토리가 틀려지는게 아니라 도메인이 틀려지시는 거 아닌가요?
같은 도메인안에서 디렉토리는 상관이 없습니다만.. ^^

타도메인간 공유라면 구글링을 통해 해결하실 수 있습니다.
codeigniter에서 따로 지원하는 것은 없습니다.

도메인은 같은데 디렉토리가 틀립니다..

제가 초보라 어떻게 해결해야 할지 잘몰라서 사용 방법을 설명 부탁드립니다 .

기본 codeigniter에서는 root/ci/와 root/kr/를 동시에 컨트롤 하지는 못합니다.
기본구조에서는 system과 application 안쪽만 동일한 도메인에서 컨트롤할 수 있습니다.
위 디렉토리 이외에 다른 디렉토리도 codeigniter의 제어권안에 두시려면
hmvc나 matchbox 같은 확장모듈을 사용하셔야 합니다.
그외 몇가지 방법이 더 있긴 한데 위 2가지가 편합니다.
둘다 포럼에서 검색하시면 설치법, 사용법 구하실 수 있습니다.

만약 기본구조안에서 두개의 디렉토리를 컨트롤 하시려면

application/controllers/ci
application/controllers/kr
이렇게는 가능합니다. 그러면 주소는 http://a.com/index.php/ci/index, http://a.com/index.php/kr/index
이렇게 됩니다.

답변 고맙습니다~ ^^