3.X 부터는 세션이 라이브러리에서 드라이버로 바뀌었습니다.
컨트롤러/모델에서 사용하시에는 변화가 없지만 autoload.php에 등록시 library 가 아니라 driver 에 등록해 줘야 사용이 가능 합니다.
 

/*
  | -------------------------------------------------------------------
  |  Auto-load Drivers
  | -------------------------------------------------------------------
  | These classes are located in the system/libraries folder or in your
  | application/libraries folder within their own subdirectory. They
  | offer multiple interchangeable driver options.
  |
  | Prototype:
  |
  | $autoload['drivers'] = array('session', 'cache');
 */

$autoload['drivers'] = array('session');

아, 답변 주셔서 감사합니다.
저도 마이그레이션 내역에 그게 있어서 바꿔 봤는데, 동일한 오류가 계속 납니다.
ㅠㅠ

에러 메시지만 볼때 Session.php 파일을 로드 하지 못해 발생한 것으로 보이는데요.
CI 버젼과 system 폴더 위치를 확인해 보세요.
 

        var_dump(CI_VERSION);
        var_dump(realpath(BASEPATH));

알려주신대로 찍은 로그 입니다.
경로는 제가 보기엔 별 이상이 없는것으로 보입니다.
세션 파일을 로드하지 못할 이유를 마땅히 알 수가 없습니다.

string(5) "3.0.1"
string(44) "C:\Project\Test\www\CodeIgniter-3.0.1\system"

세션 클래스는 아래의 경로에 있습니다.
C:\Project\Test\www\CodeIgniter-3.0.1\system\libraries\Session\Session.php

아래와 같이 설정되어 있습니다.
//----------------------------------------------------
<autoload.php>
$autoload['libraries'] = array(
    'database'
);
$autoload['drivers'] = array(
    'Session'
);

​//----------------------------------------------------
<config.php>
$config['sess_cookie_name']        = 'ci_session';
$config['sess_expiration']        = 7200;
$config['sess_expire_on_close'] = FALSE;
$config['sess_encrypt_cookie']  = TRUE;
$config['sess_use_database']    = FALSE;
$config['sess_table_name']        = 'ci_sessions';
$config['sess_match_ip']        = FALSE;
$config['sess_match_useragent'] = TRUE;
$config['sess_time_to_update']    = 300;

$config['encryption_key'] = 'cTC0nn7w08YDll11i8Q5v1Z396411PfF';

로그인이 정상적으로 되는 것을 봐서는
세션이 로드되지 않은 것 같지는 않는데,
로그인 이후, 메인 페이지에서 메뉴를 선택해 다른 페이지를 이동할 경우, 저 메시지가 나옵니다.
 

3.0 부터는 config.php에 "session_driver" 라는 항목이 추가 되었습니다.
아래 설정을 확인 하거나 CI 3.0.1을 다운 받아 config/config.php 파일 확인하여 보세요.
 

$config['sess_driver'] = 'files';
$config['sess_cookie_name'] = 'ci_session';
$config['sess_expiration'] = 7200;
$config['sess_save_path'] = NULL;
$config['sess_match_ip'] = FALSE;
$config['sess_time_to_update'] = 300;
$config['sess_regenerate_destroy'] = FALSE;

관심가져 주시고, 답변 주셔서 너무 감사합니다.

제가 설정을 바꿔보는 과정에서 잠시 빠졌던것 같습니다.
'database', 'file' 도 모두 해 봤습니다.

지금은 아래와 같이 설정되어 있고, 오류도 여전히 발생됩니다.

$config['sess_driver']            = 'database';
$config['sess_cookie_name']        = 'ci_session';
$config['sess_expiration']        = 7200;
$config['sess_expire_on_close'] = FALSE;
$config['sess_encrypt_cookie']  = TRUE;
$config['sess_use_database']    = TRUE;
$config['sess_table_name']        = 'ci_sessions';
$config['sess_match_ip']        = FALSE;
$config['sess_match_useragent'] = TRUE;
$config['sess_time_to_update']    = 300;

다른쪽의 오류를 좀 더 찾아 보겠습니다.
 

혹시 autoload에 있는 Session의 앞머리 S가 대문자여서 그런건 아닌가 하는 바보같은 의견을 조심스럽게 던져봅니다.

IamMonk님 안녕하세요?
합리적인 의심이라고 생각합니다.
저 역시도 그렇게 판단했고, 바꿔 봤었는데 별 영향이 없는것 같더라구요.

제가 어떤 문제를 만나면 Stack Overflow를 검색해 보는데, 거기도 동일한 답변이 있었습니다.

한국엔 Stack Overflow같은 싸이트가 없어서 아쉽지만, 적어도 여기서 코드이그나이터에 대해선 작은것이라도
정보를 공유할 수 있다면 좋을 것 같습니다.
다시한번 감사드리고, 이 문제가 뭔지 꼭 해결해서 답을 올리도록 하겠습니다.
지금은 우선 만들고 있는게, 2.2버전에서는 별 문제 없이 잘 되고 있어서
진도 부터 나가고 추후 3.x에 다시 한번 시도를 해 볼 예정입니다.

생각해 보면 별문제 아닐것 같다는 희망도 생깁니다.

• Remove $config['sess_match_useragent']

  The user-agent string is input supplied by the user’s browser, or in other words: client side input. As such, it is an ineffective feature and hence why it has been removed.

• Remove $config['sess_encrypt_cookie']

  As already noted, the library no longer uses cookies as a storage mechanism, which renders this option useless.

• Remove $config['sess_expire_on_close']

  This option is still usable, but only for backwards compatibility purposes and it should be otherwise removed. The same effect is achieved by setting $config['sess_expiration'] to 0.
  
  참고로 위의 내용대로 테스트 다 해 봤습니다.
  위에 캡처한 내용은 테스트를 위해서 일부러 넣어 봤는데, 그걸 복사해서 붙였네요.
  혹시 위의 내용을 누군가 답변으로 올릴까봐 미리 알려드립니다.

혹시 PHP 버전과 상관이 있을까요?
5.3.21 인데 영향이 있을까요?
 

@pwrlove 그럴수도 있고 아닐수도 있습니다.
현재 주어지는 정보만으로는 더 이상 조언 드리기가 힘들것 같네요.

http://www.codeigniter.com/user_guide/general/requirements.html

매뉴얼에선 5.4 이상을 추천하고 있습니다.

네, 저도 저 내용을 봐서 늘 맘에 걸렸는데,
당장은 PHP 버전을 바꾸기 쉽지가 않아서, 혹시 바꾸게되면
확인해 보고 결과를 다시 올리겠습니다.

감사합니다.

저도 라이프러리에서 안되는 경우였는데 라이브러리가 컨트롤러를 상속받아 안되는 경우였습니다.

get_instance()가 controller를 잘못 받아와서 생기는 문제더라구요. 상속받은 클래스를 다시 살펴보세요.